Разветвленная сеть дорог была создана в Эстонии еще во Времена Российской империи в конце 19 в., а в 20 в. значительно расширена. Сейчас около 30 тыс. км автомобильных дорог имеют асфальтное покрытие. Количество автомобилей, находящихся в частной собственности, стремительно растет.
Протяженность железных дорог составляет 1018 км, но только 13% из них электрифицированы. В 2001 году эстонская железнодорожная сеть была передана частному капиталу. Некогда разветвленная сеть железных дорог Эстонии ныне переживает не лучшее время. В начале января 2012 года завершилась длившаяся годы судебная эпопея: государство требовало от Eesti Raudtee 2,3 миллиона евро, так как компания на деньги ЕС в рамках программы PHARE на приобретение новых рельсов для железнодорожной линии Таллинн — Нарва, установила рельсы без соблюдения требований проекта.
Одна из особенностей эстонской железной дороги - эксплуатация североамериканских тепловозов. Сегодня в наличии у ЭЖД: 26 тепловозов ЧМЭ3, 4 тепловоза 2ТЭ-116, 58 тепловозов GE C36-7i (закупленных в 2003 году в поддержанном состоянии),19 тепловозов GE C30-7Ai. Эстонская железная дорога также закупает для дочерней фирмы EVR Cargo 16 новых маневровых локомотивов DF7G-E производства китайской корпораций "Бэйчэ".Правительство Эстонии приняло решение приступить к разделению Eesti Raudtee на две части: инфраструктура и рельсы принадлежали бы государству, а вопрос грузоперевозок и судьба EVR Cargo остаются пока открытыми. Благодаря современным инфоресурсам можно легко купить билеты жд онлайн.
В государстве имеется действующий газопровод, связывающий производство по выработке сланцевого газа в Кохтла-Ярве с Таллином, Тарту и другими населенными пунктами, а также с российской газопроводной сетью.
Морское сообщение функционирует круглый год и хорошо развито. Только в Таллине имеется 6 портов. Также порты имеются в Палдиски, Пярну и в некоторых других городах. Паромное сообщение между Эстонией, Финляндией и Швецией очень оживленное. Летом действует навигация по Чудскому озеру и по реке от устья до Тарту.